河川係依天然地勢形成，供
洪水宣洩之區域，本署掌理
河川水道變更、防護及治理事項，以維護河防安全。為有效安全排洩
洪水量，針對
河川特性及
流域狀況，採取適當
防洪工程，基於私有土地劃入
河川區域後，即受水利法相關規定之限制，為顧及私有地所有權人之權益，於辦理
河川治理工程時，其工程用地之取得，係依土地徵收條例相關規定辦理；另外早期既有之
堤防防洪設施仍屬私有土地，而未辦理徵收者，除配合
防洪需要，必需改建或
改善者，其工程用地依法優先辦理徵收。
另配合內政部修訂「非都市
土地使用管制規則」等相關規定，容許
河川區除「水利」用地以外，增訂「農牧」、「交通」、「古蹟保存」、「生態保護」、「國土保安」、「特定目的事業」等7種用地可供使用，放寬
河川區域使用限度；以及民國99年修訂「社會救助法」第5條之2規定，未產生經濟效益之水利用地，不列入家庭不動產計算。
又為減輕土地所有權人之負擔，本署於民國97年增訂水利法第97條之1，就
河川區域、區域
排水等範圍內規定限制使用之私有土地，其使用現狀未違反本法規定者，於繼承或贈與直系血親時，免徵遺產稅、贈與稅及其土地增值稅；另於103年增訂「水利法」第82條第4項，
河川區域內依前項致無法使用之私有土地，其位於都市計畫範圍內者，經主管機關核定實施計畫，而尚未辦理徵收前，得準用都市計畫法第八十三條之一第二項所定辦法有關可移出容積訂定方式、可移入容積地區範圍、接受基地可移入容積上限、移轉方式及作業方法等規定辦理容積移轉，以逐步解決
河川區域內私有土地問題。