南化水庫原容量達1億5,400萬立方公尺，為台灣南部公共給水單一標的水庫之最大者，自民國82年11月主壩完工蓄水起，即擔任台灣南部公共給水之吃重角色。惟近年來淤積嚴重，於98年莫拉克颱風過後，水庫淤積已達5,400萬立方公尺，淤積率37%，有效蓄水容量剩下約為1億立方公尺(2011年10月實測)，嚴重影響水庫蓄水及取水口取水功能。因此，為確保水庫運轉順暢並蓄清排渾，延長水庫壽命及基於永續利用之原則，而規劃進行本項增設防淤工程設施。

行政院於99年通過「曾文南化烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」，希望透過集水區保育、新水源開發、水庫清淤及庫區設施新建等多面向策略，來維持既有水庫功能及穩定南部地區水資源供應。經前述特別條例工作小組於會議審議，由水利署南區水資源局協助辦理本項工程之後續施工與監造業務執行。

本項工程經進行繁複之基本設計檢討與水工模型試驗驗證排砂效率後，確認維持原基本設計隧道流量1,000CMS及隧道進水口底部高程EL.135m的條件下，微幅調整隧道線型避開進水口順向坡滑動潛能，減少整體工程開挖土方量約22萬立方公尺，並可減少對環境衝擊考量下分散兩處設置，經水工模型驗證排砂效率約為24%；在基本設計檢討階段導入生態檢核制度，將其成果納入本工程發包文件，作為執行依據，以對環境最友善方式進行本工程開發。