南化水庫於民國83年開始蓄水營運，原庫容1億5,400萬立方公尺，為南部地區重要供水水源。水庫除供給大臺南地區生活用水外，亦供應至高雄地區。
民國98年8月莫拉克颱風帶入水庫約1,700萬立方公尺淤積量，至民國101年底水庫累計淤積量高達5,862萬立方公尺，導致水庫有效蓄水量僅剩9,943萬立方公尺，約為原庫容2/3。水庫淤積後，除了減少供水能力外，亦導致防洪能力降低。因此，在面對供水殷切需求、氣候變遷之降雨極端化、壩前淤積升高等問題，急需延長南化水庫壽命，來確保供水穩定，於是規劃新建一條防淤隧道，於水庫庫區上游右岸進水，放流至後掘溪舊河道，期能適時將入庫之異重流及渾水排放，達到水庫「蓄清排渾」與減緩水庫淤積之目標。
本計畫由台灣自來水公司南區工程處委由南區水資源局辦理，經過前期規劃、後期基本設計檢討與水工模型試驗，驗證隧道設計的水理、消能狀況等相關研究，工程於103年7月發包，預計107年2月完工，所需經費約44億元。工程完成後，預計每年平均排砂量約為72萬立方公尺，並增加水庫1,000秒立方公尺排洪能力，除可舒緩南化水庫日益嚴重之淤積問題及延長水庫使用壽命外，亦有助於提高水庫營運安全。
