石岡壩、集集攔河堰淤積排除，主要以颱洪期間開啟閘門進行水力排砂，不足之處則輔以機械陸挖清淤方式，兩水庫為強化供水調度之彈性，達到水庫永續利用之目標，每年皆會進行水庫清淤工作，108年預定目標清淤量130萬立方公尺，中區水資源局為掌握低水位期加強趕辦擴大清淤，原規劃108年5月底前清淤97萬立方公尺預計提升至117萬立方公尺，另為能提早清淤於107年11月即開始進行清淤招標作業，並於107年12月6日就開始出料。
石岡壩從94年至107年累積清淤量已達516萬立方公尺，集集攔河堰清淤雖作業時間及清淤量需配合環差決議受到限制，93年至107年止累積清淤量仍達849萬立方公尺，並已於去年年底前突破環差決議限制清淤數量及辦理期間之問題。
中區水資源局兩水庫清淤除於枯水期積極趕辦外，仍不忘以高標準來執行清淤過程管控，管控作業乃依「河川水庫疏濬標準作業規範」、「經濟部水利署多數平均價決標標售土石處理原則」相關規定辦理，且清淤工作執行前，將清淤計畫及相關廠商資料函送當地檢察署、調查局及警察機關，以事先防範弊案發生。另為使水庫清淤工作能更公開透明，並建立溝通平台，每年皆邀請法務部廉政署、檢察署、調查局、警察機關、地方村里長及協力廠商等辦理清淤廉政座談會。清淤期間除協請地方鄉鎮公所辦理道路、環境清潔維護等事宜，並拜會當地村里長及民眾，就清淤執行過程所造成的不便及建言進行協調溝通與改善，務必使清淤對地方的衝擊降至最低。
中區水資源局水庫清淤執行雖可能無法達到盡善盡美，惟仍將秉持戰戰兢兢之精神，持續積極檢討改進，並結合各單位、村里長及在地鄉親建立良好的協力夥伴關係，以達水庫永續及地方發展雙贏目標。