水利署南區水資源局甲仙攔河堰於民國88年7月完工，主要功能以輸水隧道將旗山溪多餘之水量引入南化水庫蓄存運用，可提高水庫供水量達平均每日80萬噸之能力，迄今甲仙攔河堰平均每年引輸水量近8,000萬立方公尺。
依甲仙攔河堰第1次安全評估報告(98年5月)，管理中心進口聯絡道路上邊坡目前呈臨界穩定狀態，若遇暴雨將使土壤含水飽和形成邊坡滑動。除提出相關整治對策外，長期而言則建議考慮管理中心辦公廳舍遷移。另97年12月甲仙攔河堰辦理蓄水庫安全複查，依委員建議，辦公廳舍應設法加以遷移，以確保人員之安全。
當時為了解管理中心辦公廳舍緊鄰邊坡之安全狀況，於97年11月起即進行邊坡傾斜管監測，經於98年莫拉克颱風持續強降雨後其變位已達危險值，為確保管理中心人員之安全，除積極進行相關整治外，亦將管理中心辦公廳舍遷至旗山溪右岸本堰進口聯絡道路入口附近適當位置，以取其管控之機動及方便性，爰擬定管理中心遷建計畫。
歷經民國100年取得用地並發包辦理委託設計監造，工程於民國101年3月16日發包，同年6月5日開工，施工一年，於102年6月24日完工，總造價3,780萬元，如含用地費及室內裝修(含空調)費約5,300萬元。
甲仙攔河堰管理中心遷建辦公廳舍於103年5月8日落成揭牌，本署副署長賴伯勳代表署長出席，致詞時恭喜甲管中心同仁擁有環境優美、設施齊備的新家，期許今後引水及汛期防汛等業務更能順暢，確保民生公共用水供水穩定。當日上午賴副署長、該局黃局長、高雄市議員林義迪、水公司六區處經理周盛華、甲仙區區長李元新及該局歷任長官等10人，共同主持新建辦公廳舍落成揭牌儀式；另該局退休同仁及其他單位員工亦踴躍參與，共同分享拼趕辛苦近2年終於落成之喜樂。
新建辦公廳舍總樓地板面積1,304.59平方公尺，內部設有辦公室、會議室、備勤室、檔案室、圖書室及控制室等，設施齊備，來賓等人參觀後都說甲管人員好福氣，上班地點風景優美又近甲仙市區，並期勉今後更要以最高服務熱忱、最好的效率，作好引水及防汛業務、造福地方。