水利署暨所屬機關經管國有公用土地眾多，當發現被私人占用時，經審慎評估有公用需要或為其主管目的事業需用者，應瞭解占用成因，分類處理，妥為評估收回方式，以利依預定計畫、規定用途或事業目的使用，並避免紛爭。對占用作居住使用者，應於排除占用前，調查占用者是否有下列情形之一需協助安置，並就需協助者協助依法向目的事業主管機關或民間機構申請公共租賃住宅、社會住宅、榮民之家、社會福利機構或護理機構等進行安置，或申請相關補助、補貼或津貼，相關過程作成紀錄，以利日後查考：
（一）屬社會救助法規範之低收入戶或中低收入戶者。
（二）屬特殊境遇家庭扶助條例規範之特殊境遇家庭成員者。
（三）依身心障礙者權益保障法領有生活補助費者。
（四）依老人福利法領有中低收入老人生活津貼者。
所稱收回方式包括：
（一）協調占用者騰空返還。
（二）違反相關法律或使用管制者，通知或協調目的事業主管機關依法處理。
（三）以民事訴訟排除。
（四）依中華民國刑法第320條、第349條規定移請地方警察機關偵辦或逕向檢察機關告訴。占用情形影響國土保安或公共安全者，優先移送。
（五）其他得排除占用之適當處理方式。
上述收回方式無優先順序，宜視個案情形審認採行，非一律以訴訟途徑處理，應深入瞭解占用成因、區分類型，妥慎研議擬採行之處理方式，並加強協調溝通，避免於排占過程中造成社會問題，引起民怨。尤其對早年占用迄今形成聚落式群居之占用戶，於採取排占作為前，宜透過占用戶訪查等方式收集資料，瞭解有無須協助安置或透過社會福利相關資源給予救助者，期以平和方式解決占用問題。