水利署在水資源永續經營考量下，對於水資源之保護已逐步導入生態保育、環境營造元素，建立公民參與機制、資訊公開平台，近年來參考先進國家集水區之管理經驗引進整合式流域管理（Comprehensive Watershed Management），期使水、土、林等各層面相互協調，重視生態、改善水環境、營造親水空間、恢復人與水的關係。
參酌美、加兩國整合式流域管理經驗，係以綠色基礎設施為達成健康流域目標之必要措施；其目的在於維護原生物種、自然生態循環、潔淨的水源；其基本精神是由自然環境決定土地使用規劃，強調自然環境提供的「生命支援」（Life Support）功能，將都市發展融入自然中，建立系統性、整體性而非零碎的功能結構。其中，「健康流域」是指所有排水到特定的溪流、河流或海灣，所有土地從最原始保護區到最密集發達之城市街區，都是流域一部分；而「綠色基礎設施」(Green Infrastructure)則是具有調節洪水逕流、淨化以減少流域污染物負荷的功能。
國內集水區經營管理除配合經濟發展開發、保障人民生命財產安全，尚須提出生態保育及氣候變遷調適等執行措施，水利署於106年針對水庫集水區，以「土砂保護」、「水質保護」為目標，透過水庫淤積率、卡爾森指標/河川污染指標、河川含砂濃度、集水區森林覆蓋率、崩蝕深度、點源污染處理率及農業非點源污染潛勢等指標分析比較，檢驗水庫集水區之健康趨勢，目前全國已有資料較完備的60座水庫集水區，可透過指標計算分析，呈現集水區水環境保育工作尚待努力方向。
107年度納入整合流域上下游的環境規劃、綠色基礎設施連線性，重視自然生態環境等為集水區經營管理考量重點，建置健康流域管理體系與評量指標，以提出最佳化流域管理措施，並以翡翠水庫集水區、大漢溪下游溼地2處進行研擬，期能針對流域管理妥善規劃建置綠色生態設施，提高水資源利用，使集水區之經營管理非僅保障人民生命財產安全，更能打造符合保育自然生態與提升生活品質的水環境。