近年環境保護議題日趨重視，過度的開發行為皆會影響野生動物的棲息環境，亦有許多野生動物活躍在
河川棲地中，生態保育已是刻不容緩。
第三河川局在
流域綜合治理計畫之
河川治理與環境營造規劃均邀請民眾參與各項會議與活動，廣納在地居民、生態專業人士、NGO團體等意見，並提醒相關單位注意生態環境的保護，避免破壞原有的野生動物的棲息環境，尋求開發行為與環境保護的平衡。
南投縣的前瞻計畫將
貓羅溪綠美橋至南崗大橋間列為重點營造區域，於「全國水
環境改善計畫」南投縣政府第二批次提報案件中，特生中心對於近年於
貓羅溪兩岸出現石虎等瀕危物種，提出保育的建議，對此，
第三河川局針對生態保育的部分，請南投縣政府於執行過程中加強生態之維護，保留既有
生態廊道。
第三河川局為減少破壞原有的野生動物棲息環境，除致力河防安全，亦兼顧
河川環境的維護，將持續與相關單位一起加強生態之維護，保留既有
生態廊道，營造南投縣自然的
河川風貌。