曾文水庫是嘉南地區最重要的水庫，自建庫以來養育及守護著曾文溪下游數十萬的居民，並帶動了嘉南地區農工商業的發展。然而，因全球氣候變遷，極端氣候造成的洪水事件頻頻發生，這些洪水往往挾帶著集水區山坡地泥砂入庫，造成水庫庫容逐漸地減少。
近年來南區水資源局不斷嘗試不同的方法，在非汛期時以陸挖清淤，在颱洪期間則以永久河道放水道及曾文防淤隧道等設施進行水力排砂，減少泥砂滯留於水庫。為擴大水庫清淤量，南區水資源局自101年起增辦水庫抽泥清淤，利用「沈積物回歸河道」方式清淤，由抽泥船自水庫湖面抽取沈積泥砂，經由輸泥管線運送至大壩下游落水池及河道暫置場，等待颱洪期間水庫調節性放水時將泥砂回歸河道，如此一來除可節省淤泥去化之處理費用，亦具補助下游河道砂源之效益，可避免河床裸露及海岸退縮等問題。南區水資源局抽泥清淤作業於第一期(101年~104年)及第二期(105年~107年)分別完成220萬及170萬立方公尺之清淤量，目前第三期(108年~迄今)亦已完成約170萬立方公尺之清淤量，成果豐碩。
此外，南區水資源局以水庫庫容維持的目標為前提，規劃於民國111年達成淤積零成長目標，民國117年起逐年恢復庫容10萬立方公尺，現考量曾文水庫的多元減淤工作，正積極進行相關方案之研擬：
一、上游土砂清運：將曾文水庫庫區中上游清淤之土砂，經由船運及陸運方式運至下游土方暫置場或由土方媒合去化。
二、庫區抽泥：加大庫區抽泥範圍，由壩前往上游延伸，初估範圍約740公頃，並配合增設之抽泥設備擴增電力供應設備及陸域輸泥管路。
三、河道淤泥暫置：因應庫區抽泥量增加，規劃增設淤泥堆置場，於一號導水隧道至東口攔河堰河段設置輸水箱涵，以增加淤泥暫置空間，亦可避免影響曾文-烏山頭水庫供水系統。