為減輕工程對環境生態之衝擊，水利署自98年起即逐年就水庫、中央管河川推動生態檢核作業，了解當地環境生態特性、生物棲地或生態敏感區位等，並運用迴避、縮小、減輕、補償等保育措施，納入相關工程設計理念，以降低工程對環境生態的衝擊，維護治水與生態保育的平衡。
第四河川局於108年起執行濁水溪流域各河川治理工程之生態檢核作業，研擬各階段工程之生態保育措施，自規劃設計開始至施工階段落實，並藉由各階段執行經驗，研擬各不同類型工程之生態檢核標準作業流程與各工作項目之參與對象、需完成之成果，及各項檢核表，供同仁後續辦理工程規劃設計執行生態檢核工作時之應用。
水利工程生態檢核流程圖
108年共辦理完成提報階段共14件生態檢核，包含現場勘查、填寫檢核表、提出生態議題及繪製生態關注圖。規劃設計階段共6件彙整調查及勘查結果進行生態評析，根據生態評析結果擬定生態友善措施，並藉由與設計單位溝通納入生態保育措施。
透過討論生態友善措施可行性，於工程開工前如期擬定友善措施及自主檢查表。施工階段確認友善措施納入且於完工後進行檢核，未來工程將全面執行生態檢核，以落實生態環境保育之目標。除辦理生態檢核外，尚有針對水利署或河川局工程擬定生態檢核流程、將生態檢核成果公開於中研院資料寄存所及機關網站、辦理生態檢核教育訓練及工程觀摩，提升第四河川局各工程人員對生態檢核之掌握。
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埔里109林班生態檢核觀摩活動