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行政院主計總處自107年起，於中央對直轄市及縣(市)政府之基本設施補助經費中，編列疏濬清淤之經費，針對縣市管河川及區域排水及雨水下水道各編列10億及2億元，分別由經濟部(水利署)及內政部(營建署)配合控管。水利署並配合函頒「經濟部水利署辦理一般性補助款疏濬清淤工程執行作業要點」，規範水利署各河川局、各直轄市及縣(市)政府執行及經費撥用等相關作業。

為辦理109年中央對直轄市及縣(市)政府一般性補助款之設算，行政院主計總處於108年3月25日函請經濟部(水利署)就疏濬清淤補助經費提供具體計算項目、指標及試算結果等相關資料。水利署於108年4月3日檢陳109年度中央對直轄市及縣市政府疏濬清淤(河川及區域排水)補助經費設算表，經主計總處於108年8月12日召開研商「109年度中央對直轄市與縣市政府ㄧ般性及專案補助款分配情形相關事宜」會議，邀集相關部會及各直轄市及縣(市)政府討論基本設施經費分配，決議依該總處設算方式及結果辦理。行政院嗣於108年8月30日核定109年度中央對直轄市及縣(市)政府一般性補助款疏濬清淤工程補助經費（詳附表）。

水利署後續將年底前核定109年度疏濬清依上揭作業要點規定，請各直轄市及縣(市)政府於108淤擬辦工程，以期109年可立即展開測設發包等作業，於汛期前儘速辦理疏濬清淤工作。