水利署及所屬機關經管之公共用土地轄區廣闊且多位處偏遠，基於管理機關權責，應確實掌握
土地使用現況、落實公地公用，防止遭占用等情形發生。
就國有公用土地之管理，
水利署及所屬機關經管之國有公用不動產，應按預定計畫及規定用途或事業目的管理使用，如有占用情事者，均應依「各機關經管國有公用被占用不動產處理原則」等相關規定排除占用，對已無保留公用需要且非其主管目的事業需用者，則應依國有財產法相關規定，陳報
水利署核轉財政部同意變更為非公用財產移交該部國有財產署接管依法處理。
其中依「各機關經管國有公用被占用不動產處理原則」第4點規定，得申請按現狀移交財政部國有財產署接管一節。業經財政部105年8月16日台財產公字第10535008870號令修正發布，依修正前該處理原則第4點第2項第1款「國有不動產於國產署經管期間已被占用，管理機關向國產署撥用後無公用事實」，係指國有不動產於財政部國有財產署（以下簡稱國產署）經管期間已被占用，機關向國產署撥用後無公用事實者，即可申請按現狀變更為非公用財產移還國產署接管處理。
惟實務上經查部分機關於撥用數年甚至數十年期間，未積極排除占用依撥用計畫使用，影響國有財產有效運用，爰限縮本款規定適用範圍為行政院核准撥用之日起一年內申請變更為非公用財產者。以提醒申撥機關確實於申撥前查明撥用標的之使用現況及審慎評估撥用後需處理之占用問題；並督促撥用機關儘速依撥用計畫使用，並將該款修正為「管理機關撥用國產署經管之被占用不動產，於行政院核准撥用之日起一年內申請變更為非公用財產」。