三爺溪排水幹線全長約13公里，集水面積約63平方公里，是二仁溪河口段之主要支流，然三爺溪主流兩岸地勢不高且坡度平緩，主流渠底平均坡度僅為0.048%，易造成淤積。
三爺溪下游處由於其地勢高程低於二仁溪洪水頻率25年水位(EL+4.31m)易受迴水影響，且於主支流交會處地勢低漥，高地之逕流快速匯集於低地段，造成堤後排水困難。
依據三爺溪排水系統規劃檢討指出，三爺溪主流文賢排水出口～萬代橋渠段，因現況河道淤積嚴重，現況已有既設護岸，原規劃擬採河道疏浚堤岸加高改善之，惟臺南市政府實際辦理治理工程時，因現況護岸老舊，實際疏浚加高後既設護岸恐有倒塌風險，為改善當地淹水問題亟需辦理整治工程。
本工程整治範圍為後壁厝排水出口段(7k+883)至仁德橋(9k+186)，整治長度為1303公尺，斷面型式採直立式護岸增加河道通洪面積，以維護河防安全，並於岸頂設置水防道路及側溝，施工經費總計達4億元。
三爺溪後壁厝排水出口段(7k+883)至仁德橋(9k+186)整治後，該渠段將可大幅降低淹水風險，以確保當地民眾生命財產安全。