水利署及所屬108年度公務預算截至11月底止歲入歲出執行結果，108年度歲入執行率為61.23%，主要係工程及一般採購案廠商違約逾期完工或交貨案件之逾期違約金、辦理工程之土石銷售收入、保管款專戶存款之利息收入、報廢財產、收回以前年度補助地方政府繳回之賸餘款、工程圖說及電子採購領標工本費等收入較預期少所致；108年度歲出執行率為90.29%，主要係「水利圖資與雲端運用中心辦公廳舍整修工程」及「水資源保育署水資源保育研究所結構耐震補強工程」工程採購案分別於108年10月21日、10月4日決標，刻正趕工中；及為因應水利署暨所屬機關執行業務需用四輪傳動小客貨兩用車，陳報行政院變更車種，行政院已於108年10月2日核准，現正依共同供應契約採購公務車輛，致影響計畫預算執行。
以前年度歲入執行率為1.36%，係違反水利法案件因行為人無能力、不願繳納或提行政訴訟，尚未繳納罰款所致；以前年度歲出執行率為82.83%，主要係湖山水庫工程計畫、重要河川環境營造計畫、區域排水整治及環境營造計畫部分工程履約爭議經費需視法院判決確定金額後始能撥付；部分工程已達請款進度，惟承商未提出請款及依契約規定留存之估驗保留款等，致影響計畫預算執行。