行政院於106年7月10日核定「伏流水開發工程計畫」，計畫項下包含辦理通霄溪伏流水工程，以解決苗栗縣通霄鎮部分地區農業灌溉用水不足問題，這項工程打算汲取河床下透水層之伏流水，來增加該地區枯水期之水源，平均每天大約可取水0.3萬噸供農業灌溉使用，經費2億元，預計110年可完工。
水利署於106年10月初召開第1次工程推動控管會議，決議請苗栗縣政府就本工程協調地方用水人成立營管組織。苗栗縣政府隨即於106年10月中旬洽當地民意代表，爭取支持通霄溪地區營管組織，並且於106年10月下旬邀集通霄溪供水灌區城北里及梅南里里長等人商談營管組織成立事宜。
通霄溪伏流水工程營管組織籌備會
因工程上下游2個里對是否興建本工程有不同意見，所以中區水資源局於106年11月中旬邀集苗栗縣政府及當地民意代表至現地勘查工程位置，並請當地民意代表協助整合地方意見。後續苗栗縣政府亦於106年12月下旬召開營管組織地方說明會，並與當地民眾達成初步共識。
苗栗縣政府於107年1月25日召開營管組織籌備會及第一次會員大會，並且積極協助當地農民成立營管組織，目前該營運管理組織已於107年2月底正式成立。本工程現委由苗栗縣政府代辦中，苗栗縣政府預計107年底前完成設計作業，108年3月開工，110年完工，工程完成後將可有效解決通霄鎮部分地區灌溉缺水問題。