依據行政院106年7月10日核定「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」之計畫適用範圍略以：「……中央管河川或區域排水，如直轄市政府同意接管，譬如塔寮坑溪排水系統及三爺溪排水系統等主流，因新北市(原台北縣)、桃園市(原桃園縣)及臺南市(原台南縣)均已同意治理完成後將改為直轄市管排水，並負責後續維護管理工作者，納入本計畫辦理範圍……」，為提高前揭中央管河川或區域排水因縣市合併後，改列為直轄市管河川或區域排水整治率，第3批次防洪綜合治理工程僅限提報前揭河川或區域排水所需治理工程，以加速移交各直轄市接管；由水利署第三、六河川局依程序提報整體水系治理，經水利署於107年9月10、11日邀請專家學者現場勘查會議，同意辦理治理工程6件，總經費合計約41.35億元，所需治理經費全數由本計畫經費支應。
另因本(107)年0823熱帶低氣壓豪雨造成雲林縣、嘉義縣、臺南市、高雄市、屏東縣等地區淹水，水利署立即採取移緩濟急措施，調整部分已核定用地取得及治理工程進度較慢之案件為預備工程，以優先辦理前述淹水地區之治理工程，並由雲林縣、嘉義縣、臺南市、高雄市、屏東縣等5個縣市政府依本計畫相關規定，提報0823豪雨期間致災需整體水系治理或局部河段需治理之治理工程案件為第4批次防洪綜合治理工程，總計提報220件，總經費約272.41億元；經由水利署各河川局於107年9月6、7日邀請專家學者現場勘查，水利署於107年9月11日召開初審會議，與各縣市政府及河川局充分溝通檢討後，第4批次防洪綜合治理工程，同意辦理治理工程55件，總經費合計約54.42億元（中央補助經費約50.14億元，地方自籌經費約4.28億元）、其中第1期(106年-107年)經費合計約0.71億元（中央補助經費約0.55億元，地方自籌經費約0.16億元）。
第3、4批次防洪綜合治理工程初審會議同意案件經水利署提報107年9月14日召開之「水與安全-縣市管河川及區域排水整體改善計畫」複評及考核小組第5次會議評定同意，並報奉經濟部107年9月21日經授水字第10720213260號函同意辦理，第3批次防洪綜合治理工程，由水利署第三、六河川局於108年1月起陸續啟動用地取得作業；第4批次防洪綜合治理工程，預計各縣(市)政府可於107年12月起陸續進行工程施工作業，各項工程陸續完工後，可再擴大治水成效。