石門水庫截至103年2月水庫庫容總淤積量為1億1,925萬立方公尺，佔總容量32.97%。考量水庫淤泥本屬河川既有自然產物，而為永續及活化使用，庫容維持之關鍵議題，主要在於淤積物回歸下游河道或有其終端去處；北區水資源局對淤積物處置以二方向推動，包括機械動力清淤及水力排砂，分述如下：
一、機械動力清淤：藉由機械設備進行抽送或挖運；對於河道泥砂運移之特性，將蓄水域上、下游之土砂區分為有價料及無價料處理。
1.機械陸挖：蓄水域上游有價料為義興防砂壩及羅浮橋下淤積物。
2.抽泥浚渫：蓄水域下游無價料則是以抽泥方式將庫底淤積物，經由輸泥管輸送至大壩下游沉澱池置放。
3.沉澱池清運：為使抽泥浚渫之泥砂有足夠蓄容空間，將沉澱池淤泥進行清運作業，以運輸卡車清運土方至公共工程土方交換指定場所或土石合法收容場所。
二、水力排砂：以新建、改建既有設施方式將既有電廠壓力鋼管改建成排砂專用鋼管，並設置排砂閘門控制系統，於颱洪期間配合洪水夾帶異重流，進行水力排砂，順勢將泥砂排入河道放淤，俾減少庫區內淤積。
水力排砂為解決颱風期間取水問題及庫容維持之重點手法，因大洪水所夾帶淤砂，以異重流方式進入下游；目前完成之排砂隧道計畫每年於汛期期間可排淤約100萬立方公尺，依無價料浚渫及清運成本估算，每年將可減少約5億元清淤成本，將為國庫減少支出；此外，北區水資源局刻正推動阿姆坪及大灣坪等防淤隧道工程中，其對庫容維持及永續經營應有更大助益。
