布袋蓮佈滿河道除有影響
排水之虞外，如覆蓋率高亦有不利
生物多樣性及導致河段
優養化問題，然因
布袋蓮環境適
應力極強，加之繁殖力驚人，導致要如何因應
布袋蓮繁殖是目前十分嚴峻的課題，
水利署乃與台南市政府及雲嘉南農田水利會共同因應轄區
布袋蓮，戮力合作以期全面清除。
為避免
布袋蓮叢生河道影響
排水，
水利署去(105)年度即於台南市編列約1,200萬預算之兩年度計畫辦理清除，
第六河川局於本(106)年度1月加速發包
布袋蓮清除工作，除依專家學者建議以機械及人工竹筏進行清除外，另以提高維護頻率並盡量保持每期清除工作不中斷為原則因應。
考量
布袋蓮容易於春、夏之際大量繁殖，爰搭配於急要段設置數條攔污索以攔阻
布袋蓮，除可提升清除效率並降低擴散速率，實際執行後目前
布袋蓮繁殖問題已獲控制，並無大片
布袋蓮經常性佈滿河道問題。
清運部分，
布袋蓮曬乾之後重量及體積遠低於其含水狀態;
第六河川局為提升執行效率及更有效運用執行經費，清除
布袋蓮後如不影響環境及瞻觀，暫時臨地置放，俟曬乾後再行運出以節樽經費，目前
第六河川局至少已執行200公噸以上的
布袋蓮清除工作，在中央及地方與農田水利單位戮力合作下，相信未來
布袋蓮繁殖問題應能有效控制。