澎湖縣由90座島嶼組成，面積126.864平方公里。年平均降雨量約1,000mm，遠低於蒸發量(1,500mm)，平均海拔高度約只有30公尺，受限雨量與地形的關係，並沒有溪流，只有大豪雨或颱風之後所產生的小溪流，因為雨水不能有效的存留於地表，地面水源可靠度低。
台水公司澎湖馬公50號井
在此惡劣水文條件下，目前各式能獲取水源的方法，在澎湖幾乎都已被使用，舉凡地面水庫、地下水庫（赤崁地下水庫）、深水井、鹽化井、海水淡化（逆滲透）、運水船（臺水澎運）、人造雨等方式，都是為了解決澎湖的水資源問題。
澎湖地區近年供水歷史約可分為3個階段來看，第一階段為民國62年成功水庫興建完成以前，以地下水為供水水源，自日據時代日本官方已經開始鑿穿堅硬岩盤，往地底含水層尋找乾淨水源。光復之後，台灣自來水公司開始大量開鑿深水井，然而抽水量遠遠超過補注量，地下水位從民國38年的27.9公尺，到民國57年大幅降至93公尺，平均每年約下降3.2公尺，造成抽水量降低及部分深水井海水入侵，水質鹽化，面臨供水危機。
第二階段為地面水開發階段，自民國62年成功水庫興建完成後地面水加入澎湖地區供水行列，已陸續在澎湖本島建置成功、興仁、東衛水庫，西嶼、望安及七美離島地區則有小池、西安、烏溝水塘、七美等水庫，此階段由地下水與地面水共同負擔澎湖地區之供水需求。
馬公4000噸海淡廠過濾機房
隨著澎湖地區人口增加及觀光業蓬勃發展，需水量大幅增加，因地面水源易受豐枯水年影響供水穩定度，地下水與地面水已不足以滿足澎湖地區之用水需求，於民國83年及92年發生嚴重枯旱缺水，必須自台灣運水到澎湖以解決缺水問題，所以自民國84年起，台灣第一座供應民生用水的海水淡化廠在澎湖誕生，自此澎湖進入海淡水、地面水及地下水多元供水階段。
隨著澎湖地區需水量日益增加，地下水已超抽，多口地下水井鹽化，加以地面水源因地形水文條件，可開發量受到限制，穩定度不高，海淡水已由「補充水源」轉為「主要水源」，依109年6月之統計資料，澎湖地區海淡水佔供水比例已超過57%。為因應澎湖地區用水成長與供水穩定，本署於「離島地區供水改善計畫」已推動「馬公增建4,000噸海淡廠」，已於108年開始產水。前瞻基礎建設中「離島地區供水改善計畫第二期」亦納入「馬公增建6,000噸海淡廠」及「吉貝嶼600噸海淡廠」、「七美嶼900噸海淡廠」等3個海淡廠工程，預定於111年及113年完成供水，以增加馬公及七美、吉貝嶼供水量及降低對地下水使用量，滿足澎湖地區用水需求及保育減抽地下水。在氣候變遷降雨極端化及地下水源已超限利用情形日益惡化下，海淡水成為離島地區供水之主要水源，已成為必然之趨勢。