108年8月5日水利署與行政院農業委員會林務局共同簽署國土生態保育綠色網絡合作協議，期望維護河川廊道的生命力與生態系服務功能，透過跨域合作構築和諧的永續環境。
因此水利署將導入逕流分擔、在地滯洪及風險管理等防洪整合規劃新思維，連結林務局等相關單位之生態保育觀點，並透過河川局辦理在地諮詢小組研商平台，針對流域內防洪、水資源、生態等課題邀集相關單位及民間團體等，共同研討流域未來想像及願景予以推動。
流域整體改善與調適規劃目前以大甲溪流域為操作範例，第三河川局於109年7月10日辦理在地諮詢小組研商平台會議，並初擬以流域洪災、水土資源、生態維護及環境保育為主要目標，另行政院農業委員會林務局南投林區管理處亦於109年7月21日召開國土生態保育綠色網絡跨域平台會議，將所盤點之關注物種提出河川地友善生態廊道策略研討。因此，雙邊跨域合作平台機制，可共享生態資源，創造永續流域及健康河川生態網絡。
國土生態保育綠色網絡跨域平台會議