隨湖山水庫興建完工及試營運後，近期已提供雲林、彰化地區量穩質優之地表水源，為確保湖山水庫水源安全，經濟部已依自來水法規定劃設湖山水庫水質水量保護區，共計174.56平方公里，並公告於109年5月1日起開徵該保護區之水源保育與回饋費。經統計湖山水庫供水區用水戶數計約22萬戶（主要供應雲林地區，部分供應彰化地區），預估每年可徵收水源保育與回饋費約2,800萬元。
圖1 湖山水庫水質水量保護區及供水區域關係圖
湖山水庫水質水量保護區之專戶運用小組已於108年10月成立，小組行政機關為嘉義縣政府，水源保育與回饋費經專戶運用小組審查後，分配用於保護區內辦理水資源保育、居民公共福利回饋、受限土地補償、原住民族地區租稅補助、非營利之家用自來水水費減半收取等項目，落實「受益者付費、受限者得償」之精神。水利署亦透過召開「水質水量保護區管制事項協調會報」，持續偕同相關單位推動湖山水庫集水區保育治理、削減污染源與水質監測工作，共同保護湖山水庫上游集水區之良好水源。