水利署自94年起正式推行公文線上簽核系統，落實「無紙作業」開啟重要首頁，自系統上線以來，除滿足本署台北、台中兩地三處辦公區間公文文書作業需求，亦提昇公文傳遞及簽辦作業效率，進而，更將導入公文線上簽核系統成功經驗，推廣至所屬水資源局，大幅提昇本署及所屬機關施政效率與機關形象，同時亦改善各水資源局分地辦公之公文傳遞、簽辦作業處理效率。
本署共用版公文線上簽核系統已於100年10月3日正式上線，並在100年12月至102年6月推廣至15個所屬機關，且全程均線上簽核作業，因本系統採雲端概念集中配置，因涉及電子簽章、電子公文交換作業、檔管規定、檔案電子儲存管理實施辦法、文書及檔案管理電腦化作業規範等法規，結合安全認證、電子文件控管、流程引擎、XML資料交換標準等技術，整合文書處理手冊、應用軟體、資料庫、網路環境、電子識別證等作業因素，因公文系統作業程序繁複且系統架構龐大，如何確保系統運作穩定可靠、運轉效能良好、軟體功能改善、服務品質提升、強化管理制度及符合資安法規，均是本系統重要管理目標。
本系統範圍，包含「公文流程管理模組」、「文書編輯簽核模組」、「公文線上簽核模組」、「公文影像管理模組」、「公文電子交換整合模組」、「電子公佈欄模組」、「檔案管理模組」、「公文線上稽催模組」、「系統管理支援模組」、「系統安全控管模組」及「公文資訊服務模組」等11個系統模組。
本系統於102年11月15日更上一層樓，正式導入跨機關(本署及所屬機關)線上簽核作業，系統功能具有「代辦文稿傳遞作業」、「代辦文稿收文作業」、「代辦文稿匯入作業」、「代辦文稿發文退文作業」、「代辦文稿迴文簽收作業」、「決行註記作業」、「代辦文稿流程查詢作業」、「待收之代辦文稿件數查詢」功能。
另於103年2月24日系統套用GCB規範之更版作業，工作項目為「安裝目錄會變到登錄者個人目錄下」、「預覽列印元件修改」、「md5演算法要改成sha1」、「憑證簽署」，以符合GCA對檔案目錄權限及Active X管控要求。
本系統將本諸精益求精精神，採穩紮穩打策略，維持系統穩定正常運作、提升系統運轉效能及強化系統功能，以滿足各級使用人員需求。