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　　104年8月蘇迪勒颱風侵台，為新店溪上游流域帶來坡地沖蝕、道路崩塌、土石流、堰塞湖，以及淹水、南勢溪原水濁度遽升等災情，新店、烏來地區受創嚴重，為加速新店溪上游河川流域災害復舊與保育治理工作，行政院於105年1月26日核定「新店溪上游流域保育治理及區域穩定供水綱要計畫」，並區分為「建立流域災害監測預警系統」、「加速集水區保育治理與管理」、「加強河川規劃、治理與非工程措施」及「建構高濁度因應處理及備援能力」四大工作區塊辦理，有鑑於各區塊工作於集水區內迅速展開，工程施作將衝擊生態及環境，為減輕工程施工對生態環境造成之負面影響，維護生物多樣性及棲地環境品質，爰由水利署委託之生態專業團隊進駐，協助臺北水源特定區管理局辦理生態檢核工作。

　　生態檢核制度之核心概念是將自然環境特性及生態保育納入工程整體考量，並因應工程辦理階段之不同特性而各有其生態檢核目標。將工程辦理階段分為計畫核定、規劃設計、施工及維護管理等4個階段，針對各階段之生態檢核，由生態專業人員執行各項程序與生態分析評估，並查核生態保育措施落實情況，生態檢核程序中並納入資訊公開及民眾參與。工程主辦單位須注意之事項與重點工作，包括邀請專家、當地居民、NGO及生態團隊進行現場勘查，辦理說明會等，並於發生環境異常狀況時通知生態團隊協助，與生態團隊討論，確認各工程階段的生態保育措施。

　　本（106）年度於南勢溪、北勢溪及新店溪三個流域，共辦理5件工程計59個工區，工程清單如下，分別涵蓋有施工階段、規劃設計階段及作業階段的生態檢核工作。
　　由於上述工程具有工區多、規模小及工期短之特性，工程類型則大多為野溪之溪流整治、清淤疏通、砌石護岸改善及坡面整治等類型。受到工程時程急促之影響，生態檢核過程之現勘討論、資訊公開及民眾參與部分辦理不易，各階段生態檢核項目辦理情形如下表。
　　由於各工區尚無明確保育指標物種，生態專業團隊針對各工區所提建議以棲地環境保全為主，建議之保育措施主要為減輕或保留，共計建議減輕措施56項，保留措施5項，保留措施為溪流深潭、周邊喬木及溪中巨石，減輕措施類型較為多元，包含有濱溪植被、周邊喬木、周邊樹叢、次生林保留、溪底床質、溪流水質、溪流底床質型態維持、溪床大石、河道水流狀態、動物逃生通道等。