總統於103年1月29日公布施行之「流域綜合治理特別條例」，分6年編列660億元特別預算，將以國土規劃、綜合治水、立體防洪及流域治理等多面向及宏觀思維，持續協助地方政府進行水患治理工作。
其中辦理河川及區域排水經費上限為新台幣420億元、辦理雨水下水道經費上限為新台幣90億元、辦理農田排水、水產養殖排水、上游坡地水土保持及治山防洪經費上限為新台幣150億元。
計畫執行內容除延續「易淹水地區水患治理計畫」的水、土、林綜合治水外，增加對農業生產、水產養殖排水改善及省道配合河川、區域排水治理須辦理之橋梁改建工作，以保護重要農漁業產區及達橋河共治之目標，並將會同內政部新訂都市土地低衝擊開發，打造「海綿城市」及訂定出流管制原則，於土地開發或變更使用相關計畫應進行出流管制，以避免流域內土地利用增加下游水系淹水潛勢，從源頭管理做起，確保治水工程完工後各項防洪設施，均能持續發揮預期功能。
計畫完成後預期增加改善約320平方公里淹水潛勢地區水患程度，增加保護人口約120萬人，控制上游坡地水土保持、治山防洪及國有林治理之土砂生產量約1,212萬立方公尺，再增加136公里雨水下水道幹線，降低120平方公里重要農業高淹水潛勢地區及34平方公里養殖漁業生產高淹水潛勢地區之水患問題，特別條例通過後，水利署隨即會同內政部及農委會提出第一階段(103-104年)之執行預算，預定於103年2月上旬由行政院審定後函送第一期執行預算至立法院審議，並俟預算通過後據以協助地方政府辦理相關治水工作。