第四河川局於去(108)年起即開始執行濁水溪流域生態檢核作業及檢討計畫，辦理各河川治理工程之生態檢核作業，本計畫於今(109)年邁入第二年，接續第一年工程核定與規劃設計階段之執行成果，共辦理規劃設計階段6件及施工階段5件之工程生態檢核工作，將所研擬之工程生態友善措施，納入規劃設計與施工階段落實執行。
以規劃設計階段「湖子內及新虎尾堤段河川環境改善工程」中之湖子內工區為例，本工程座落於雲林縣莿桐鄉，規劃於堤頂設置步道、排石護岸、堤後植生美化環境改善工程。經資料蒐集及實地生態調查發現有許多保育鳥類(如:黑翅鳶、黑頭文鳥、燕鴴等)於此活動，土堤上植被生長茂密，附近有人為栽植的落羽松林、蘭嶼羅漢松等，水域環境有農排經過及許多鳥類在此覓食。故工程設計保留原有喬木以避免減少鳥類躲藏、覓食空間；新植樹種則使用原生種 (如: 欖仁、破布子、楝、臺灣九芎等)為優先考量，避免外來種在此拓殖，亦於綠化區域種植原生禾本植物(如:稗子)，藉此吸引保育鳥類-黑頭文鳥棲息；總體設計也融入當地特色，模擬當地麥穗成熟意象，設計符合當地之圖騰，空間利用上則包含休憩、生態教育及保育功能之設計。
三級保育類-燕鴴、黑頭文鳥
施工階段以「濁水溪社子二號堤防河川環境改善工程」為例，本工程辦理親水公園設施改善及拔馬坑溪設置箱涵橋、生態引水溝及景觀平台等。經由生態資料蒐集並實地調查後，發現工區濱溪範圍部分為澤蟹棲地，周邊生態資源豐富，經通盤檢視澤蟹棲地分布，於施工時迴避澤蟹潛在棲地，以避免影響及擾動現有澤蟹棲地生態；於下游施工處下游增設臨時性淨水沉砂設施，降低工程對水質之影響，並以半半施工執行，避免溪水斷流，減少對水域環境擾動；及以人工排石方式設置親水跳石，提供生物攀爬通行，並避免過多混凝土化工程，以減輕環境衝擊及避免棲地阻隔..等措施，落實生態友善措施，以實現生態永續發展之目標。