水利署辦理河川私有地之徵收，均係依土地徵收條例第3條規定，徵收私有地以事業所必需者為限，惟早期既有堤防已使用私有土地或位於河川區域內非事業所必需者，常引起土地所有人不滿，要求私有地全面徵收。為解決此一問題，經研擬並奉行政院核定「都市計畫內（包括非都市土地）行水區私有土地問題處理方案」，其徵收原則為：
- 對早期既有之防洪及區排工程，除配合防洪及區排需要，必須改建改善者，辦理徵收。
- 各級政府已完成法定預算程序者，辦理徵收。
- 其他河川及區排之私有地，採限制使用方式辦理。
為維護土地所有權人權益，本署已採取的措施有：配合工程施作辦理工程範圍私有地徵收；放寬河川區域使用限度，容許7種用地使用；增訂水利法第97條之1，河川區域、排水設施範圍內之私有土地，其使用現狀未違反水利法規定者，於贈與直系血親或繼承時，免徵贈與稅或遺產稅及土地增值稅；另修正「社會救助法」第5條之2，將未產生經濟效益之非都市土地之「水利用地」，於申請中低收入戶時，不列入家庭之不動產計算。
另本署配合立委提案增修水利法第82條，以都市計畫內公告之水道治理計畫線或用地範圍線內施設防洪設施所需用地，或依計畫所為截彎取直或擴大通洪斷面辦理河道治理，致無法使用之私有土地及既有堤防用地，經主管機關核定實施計畫，而尚未辦理徵收前，得準用都市計畫法第83條之1規定辦理容積移轉。業經立法院第8屆第4會期第18次會議審議通過，並於103年1月29日總統令公布，將有助解決河川區域內私有土地問題。