台灣地區之地下水觀測站網規劃，截至民國106年止，完成建置11m~291m等不同深度的地下水觀測井計791口，以觀測不同含水層之地下水質，藉此反映出不同含水層的整體水質變化趨勢。台灣地下水水質主要問題包括沿海地區地下水水質鹽化、濁水溪沖積扇扇頂地下水補注區硝酸鹽氮污染、西南沿海地區砷含量偏高、及部分觀測井重金屬濃度偏高等。其中，以地下水鹽化影響範圍較廣，彙整分析各地下水區歷年水質檢測數據，台灣地區地下水鹽化區域主要集中於西南沿海地區，其發生原因可能與大量抽取地下水導致海水入侵有關，而部分導電度偏高之觀測井位於內陸地區，則可能由於地層中古海水、碳酸鹽類與硫酸鹽類礦物的溶解作用或人為活動所致。
近年來，儘管時令已值仲夏時節，然因受到全球氣候變遷的影響，春雨時節降雨均不如預期致枯水期缺水情形加劇，許多地區因此更大量抽取地下水作為灌溉與養殖用水水源，此舉將造成用水安全之風險，而由此也凸顯地下水資源調配與地下水水質檢測工作之重要性。
水利署作為台灣地區地下水資源主要管理機關，除監督管理權責之外，對於地下水資源規劃、保育、缺水防災能力等方面亦肩負重要使命，故確實掌握地下水水質變化情形與地下水合理管理及抽用，亦能有效提升並永續利用地下水資源。