近年來生態保育議題逐漸受到重視，過去工程常用的防砂壩、跌水工及護岸設施，雖達到穩定邊坡及保護河岸安全之功能，但人造設施亦往往造成動物棲地消失或阻隔動物遷徙移動、覓食等問題，造成生物棲地破碎化。因此，行政院公共工程委員會為減輕公共工程對生態環境造成的負面影響，秉生態保育、公民參與及資訊公開之原則，於106年4月25日訂定「公共工程生態檢核機制」；於108年5月10日修正，並修正名稱為「公共工程生態檢核注意事項」；再於109年11月2日工程技字第1090201171號函修正部分規定，期望藉由生態檢核機制推動及運用迴避、縮小、減輕、補償等保育措施，使工程與生態得以取得平衡，達成永續發展的長遠目標。
圖1 治理工程生態保育對策及檢核原則
第二河川局執行轄區內109年提報工程及在建工程之生態檢核，作業期程涵蓋工程計畫之核定、規劃、設計、施工及維護管理等階段，依各工程自然環境及特性，分別進行生態資料蒐集或現地調查，以瞭解施工範圍內之水陸域生態及關注區域，同時透過生態調查評估與溝通協商機制，彙整生態專家、工程人員、政府單位、NGO與民眾等各方意見，研判工程施工至完工對於生態環境影響之可能性，因地制宜研擬生態保育對策，以降低工程對棲地環境之影響，相關對策及檢核原則如圖1所示。
圖2 民眾參與情形
以109年「頭前溪舊港島調節池及環島保護工環境改善工程(一)」為例，本工程在規劃設計階段即透過生態專家的參與，除了原有目標改善舊港島內區域局部排水不良問題及環島步道環境外，更藉由設置生態滲透池增加生態多樣性及景觀性，保留紅樹林、蘆葦、香蒲等植物之生長空間，同時提供鷺科鳥類及候鳥之覓食環境。另外，為將工程計畫資訊及相關議題讓工區鄰近居民及關心舊港島的民眾了解，於108年10月24日召開「舊港島大樹下講古」及「水故事社區營造」工作坊，並於108年11月15日召開地方說明會(如圖2)，討論相關方案及議題，並尋求民意回饋。施工過程中則落實設計階段擬訂的策略，保留工程區域中之喬灌木，儘量減少對工程區域內生物棲地之影響；並於109年5月6日拜訪新竹野鳥學會(如圖3)，討論過程中陳會長萬方建議保留高灘地部分植栽，避免破壞潮間帶生物及水鳥之棲地環境，第二河川局評估後採納相關意見，以保留棲地原始環境。
圖3 拜訪新竹野鳥學會
「頭前溪舊港島調節池及環島保護工環境改善工程(一)」(如圖4)以加高護岸及設置生態滲透池方式，採取逕流分擔、在地滯洪，提高整體防洪效能，且透過生態檢核及民眾參與，於設計時決定採用近自然工法、得以維護棲地生態，並巧妙融合當地人文景觀。本工程受行政院公共工程委員會肯定，獲得第20屆公共工程金質獎水利類特優之殊榮，使同仁看到生態檢核對工程的正向效益，對後續推動相關工作更有信心!