淡水河系近年部分河道及
高灘地有逐年淤積趨勢，未來恐需要經常性進行河道疏浚及植生整理，以保持足夠的通洪斷面，及適度維持河道粗糙度，因應
氣候變遷之
防洪需求，與文資法與
溼地法等相關法令可能對
防洪治理進行之影響，應有專案適切研究。而且根據
淡水河系
河川情勢調查結果及相關生態調查報告指出，
淡水河系蘊藏豐富的生態資源，故在進行河道整理、疏浚或植生檢討等工作，應該針對上述之
河川生態清疏工作，研擬更全面且具體可行的對策，相關之清疏技術也需要因地制宜研發評估。
淡水河系早年位於台北
防洪計畫範圍，除社子島及五股疏左地區因屬
洪水平原管制或限制發展區，其餘地區已完成台北
防洪計畫保護標準，但是近年來
高灘地高度利用，及河道回淤速度受天候自然輸
砂及人為排
砂等因素，回淤速度有逐年加速之情勢，因此應針對特定河段或區域進行補充調查，及評估方法、技術的建立及研發，尤其針對
氣候變遷敏感區域或現況
防洪瓶頸段，如
二重疏洪道、
新店溪及
景美溪匯流口、
大漢溪三峽河匯流口至出口間等。調查時包括河道及
高灘地河相變遷、
高灘地植生分布及生長情形等，分析工作則是同時由地景
生態學、
棲地生態學、河相學、水理學等角度，建構本計畫所需之相關理論及模式，並評估各種可行的清疏方法。提出一套適用
淡水河的
河川生態清疏對策，並研發數種可行的清疏技術，以有效維持
淡水河系容洪、通洪、
防洪功能，並確保一定水準的
河川及
濕地生態功能。