關於徵收土地作業，地上物之補償占了十分重要的一環，舉凡涉及用地範圍內的農林作物補償權屬，即使相關作業規則都有明定規範，惟實際辦理查估時仍需多方協調，如農林作物之
種植人並非土地所有權人，亦無向土地所有權人辦理承租等相關租賃動作，或用地範圍內之水井，原係A君挖掘鑿設，其後該筆土地移轉至好友B君處，而B君逝世後再傳其子女C、D君，而於查估時，由於前代人並無於移轉與子孫時交代清楚，形成A君之女與上開C、D君對於水井權屬之糾紛，更不用說如果用地範圍內涉及建築物時需要拆遷的狀況了。
而在「
經濟部水利署興辦水利工程使用
河川及區域
排水公有土地救濟方案協商原則」停止適用後，出現早期曾被徵收過的土地所有權人，希望能夠酌量補償其地上物之情形；部分縣(市)政府不願意協助辦理地上物查估之情形，以上種種查估疑難雜症，不勝枚舉，僅地上物查估這流程就有諸多需克服部分，更不用說整體徵收業務了。以上部分僅能夠慢慢藉
水利署、內政部所舉辦的用地課程，及每年辦理徵收案件，累積經驗，方能慢慢上手，水到渠成。