水庫集水區內土石流潛勢溪流多且發生潛勢較高，颱洪時期更易受強降雨影響，產生大量土石淤積。為確保水庫永續經營，行政院於民國95年3月20日核定「水庫集水區保育綱要」，並核示關於水庫集水區範圍水土保持工程由相關機關依業務權責及專長分工治理，水庫集水區之土地使用管理及管制由各主管機關依現行相關法令及權責辦理，另責成經濟部整合各主管機關之治理計畫，及提報實施計畫報院，據以整治集水區，維護水庫功能。
「前瞻基礎建設計畫-加強水庫集水區保育治理計畫」由水利署、行政院農業委員會（林務局、水土保持局）及環境保護署，除依前述各水庫集水區保育實施計畫內容外，加強辦理經濟部「水庫庫容有效維持綱要計畫」淤積率大於6%等13座水庫集水區內之保育治理。
本計畫以減少水庫集水區土砂災害以及改善集水區水體水質為目標(圖1)，在減少水庫集水區土砂災害部分，主要由行政院農業委員會（林務局、水土保持局）辦理，目前已發包323件工程，控制土砂量704.07萬立方公尺、崩塌地治理面積256.68公頃；在改善集水區水體水質部分，主要由水利署及環境保護署共同辦理，其中水利署目前已完成5處農業低衝擊開發設施(圖2)，並舉辦說明會與民眾溝通宣導，說明設置效益及技術推廣設置意願，同時也透過合理化使用農藥與施肥安全宣導，由源頭減少農地農藥與肥料非點源污染。
在執行計畫同時並藉由治理工程之生態檢核作業(圖3)，落實民眾參與及生態保育，且透過防災宣導與演練，強化居民之防災意識及公共參與程度，以確保居民安全，並穩定供水，達成水資源永續之目標。
圖3 生態檢核執行重點