依照《土地徵收條例》規定，土地及土地改良物經公告徵收後，土地權利關係人對公告有異議者，應於公告期間內向該管直轄市或縣(市)主管機關以書面提起異議。因異議事項不同，概可分下列樣態：
一、對徵收土地權力歸屬結果之異議：
依《土地徵收條例》第18條規定 直轄市或縣（市）主管機關於接到中央主管機關通知核准徵收案時，應即公告(30日)，並以書面通知土地或土地改良物所有權人及他項權利人。權利關係人對於公告事項有異議者，得於公告期間內向該管直轄市或縣（市）主管機關以書面提出。該管直轄市或縣（市）主管機關接受異議後應即查明處理，並將查處情形以書面通知權利關係人。
二、對徵收補償價額之異議：
被徵收者如對於徵收補償額不服前述之「查處」時，該管直轄市或縣(市)主管機關可以提起「地價評議委員會」復議；被徵收者不服「復議結果」時，得依法提起「行政救濟」(參見《土地徵收條例》第22條)。徵收補償價額經復議、行政救濟結果有變動或補償費經依法發給完竣，嗣經發現原補償價額認定錯誤者，其應補償價額差額，應於其結果確定之日起三個月內發給之。
三、申請收回徵收土地之救濟：
依《土地法》第219條及《土地徵收條例》第9條規定，係為防止徵收機關為不必要之徵收，故給予原土地所有權人保留收回權。需用土地人應於法定期限內依核定徵收計畫開始使用，未於法定期限內依核定計畫使用，原土地所有權人得於法定期限內向直轄市或縣（市）主管機關申請依原徵收補償價額收回土地。
土地徵收乃政府依公權力之運作，為公益事業需要，基於國家對土地之最高主權，依法定程序，對特定私有土地，給予相當補償，強制取得之一種處分行為，故水利署辦理水利工程土地徵收作業均依照《土地徵收條例》規定謹慎辦理，以更民主、合理化方式執行，使相關公共工程執行更為順利，並保障民眾合法之權益。