全國各農田水利會已於109年10月1日改制為公務機關，更名為各「農田水利署管理處」，管理機關為行政院農業委員會農田水利署；依據農田水利法第23條規定，農田水利會改制後資產及負債由國家概括承受，並納入農田水利事業作業基金管理，依規定納入國有財產產籍管理。
淺談農田水利會改制水利工程用地取得之調整因應
有關水利署推動各直轄市、縣(市)政府辦理「縣市管河川及區域排水整體改善計畫」及中央管水利工程計畫，辦理工程用地取得涉及原農田水利會所有土地取得之處理方式，以往係依土地徵收條例規定，以徵收(大多採協議價購)方式取得農田水利會所有之土地，各農田水利會於109年10月1日改制為公務機關過渡期間，涉其所有土地取得之處理方式，經與農田水利署協商調整因應如下：
一、依土地徵收條例規定，採協議價購原農田水利會所有之土地，且經行政院農業委員會核准者，未於農田水利法生效(109年10月1日)前，與農田水利會簽訂買賣契約，於該法生效後，原農田水利會所有土地已屬國有土地，需先辦理移轉登記國有，再依國有土地有償撥用規定程序辦理移轉。
二、於農田水利法生效(109年10月1日)前，已與農田水利會簽訂買賣契約，未及辦理所有權移轉登記，依首揭第23條規定，由國家概括承受，於該土地辦妥移轉登記國有後，由農田水利署承受買賣契約，辦理移轉登記。
三、如有施工急迫之需，依國有不動產撥用要點第9點規定辦理後，由農田水利署核發先行使用同意書。
水利機關於執行各項水利工程涉原相關農田水利會所有土地取得，於其改制過渡期間已依前述處理方式調整因應，後續有關水利工程用地取得涉原農田水利會所有之土地者，續依「各級政府機關互相撥用公有不動產之有償與無償劃分原則」申請撥用。
各項水利工程建設要能順利施作，用地取得是整體建設計畫中非常重要之環節，因此水利工程用地取得需各權屬單位全力配合與支持，相互合作以共創美好生活，確保民眾生命財產安全。