生態檢核機制係將生態評估、民眾參與、資訊公開等工作融入既有保育治理工程流程，結合工程治理、生態保育及公民參與理念，共同擬定並落實工程生態友善方案，減輕工程對生態環境之影響。水利署「前瞻基礎建設計畫-加強水庫集水區保育治理計畫」為落實水庫集水區生態保育，確保水庫永續發展，爰於本(109)年6至7月針對水利署北、中、南區水資源局及臺北水源特定區管理局，邀請專家學者辦理生態檢核辦理情形訪查計畫。
本次訪查主要就各水資源局是否依據工程會108年函頒之「公共工程生態檢核注意事項」，於工程核定、規劃、設計、施工及維護管理等作業階段等工程生命週期辦理生態檢核，訪查形式採上午時段辦理書面資料檢核，下午則實際於工程現場工地進行生態檢核技術交流，訪查小組則由專家學者搭配水利署工程事務組、綜合企劃組、保育事業組組成。
本次水庫集水區工程生態檢核訪查，經過與各水資源局經驗交流後，綜整相關實際問題主要為各水資源局工程於核定及復原階段之生態檢核作業仍會有所遺漏，另於施工階段施工廠商倘無落實檢核事項，目前無相關罰則可督促廠商落實辦理。
針對上述相關問題，後續將加強培植各水資源局同仁生態檢核專業能力，落實工程全週期生態檢核作為，並於工程契約中納入無執行生態檢核之罰則機制，期能使水利署生態檢核更加精進及落實保育水庫集水區生態環境。