民眾或法人團體等如有取水用水需求，應由權利人及義務人或其代理人依水利法相關規定提出必要文件向主管機關申請水權登記，如地面水源流經二縣 (市) 以上者應向經濟部提出申請，其餘地面水源及地下水源係向轄管直轄市、縣 (市) 政府提出申請。
為有效利用水資源及維護用水秩序，主管機關受理水權登記申請書件，除了登載記錄申請人基本資料外，還包括申請水權年限、水權來源、登記原因、用水標的、引用水源、用水範圍、使用方法、引水地點、退水地點、引用水量、水頭高度（水力用）、水井深度（地下水用）、用水時間等，同時審核其事業合理用水量及該水系河段可用水量等，並依水利法第33條規定派員至現場履勘查核。
水權履勘時由申請人領勘，履勘人員攜帶由水利署開發之水權履勘系統APP之平板電腦及衛星導航系統GPS協助定位，主要查核重點為引(退)水地點位置、使用方法、用水範圍、量水設備等，以作為水權登記資料的佐證，並建立使用水資源管理基礎資料。
量水設備
為健全水權管理，水利署及各區水資源局除於水權登記履勘時進行現場查核外，亦不定期至現場抽查水權用水情形或會同水源保育、溫泉使用等業務進行聯合稽查。此外，亦補助縣市政府加強地下水管制區之違法水井巡查及工廠水井查察等。以維護用水秩序並共同努力保育水資源。