連江地區地理、水文氣候條件特殊，國防、經濟活動的高度介入，水資源取得原就不易；近年來，人口數量增加，氣候變遷加劇，水庫淤積與水質惡化問題更形嚴峻；故有效利用與開發水資源，改善水源水質與環境，成為馬祖地區水庫集水區保育治理的重要課題。
行政院95年核定「水庫集水區保育綱要」以推動全國水庫集水區保育治理，滾動檢討各水庫集水區保育實施計畫，並自106年核定「前瞻基礎建設-水環境建設-加強水庫集水區保育治理計畫」落實保育治理。水利署遂依「馬祖地區水庫集水區保育實施計畫」，以土砂減量、改善水質，恢復生態環境為目標，導入綠色基礎設施(Green Infrastructure，簡稱GI)規劃理念、工程生態檢核作業，並引進低衝擊開發(Low Impact Development，簡稱LID)、多層複合濾料淨化設施(MSL)等工法，辦理多項「馬祖地區水庫集水區保育治理工程」，以確保連江縣水源水質水量；推動以來，各項治理設施均能發揮效益，配合工法技術、生態保育訓練研習與宣導，成果顯著。
馬祖地區公告有勝利、儲水沃、津沙、津沙一號、秋桂山、坂里、東湧、后沃等 8 座水庫，已辦理「馬祖地區水庫集水區保育治理工程」8項標案，內容含括污染削減、排水截流、雨污分流、用戶接管、沉沙清淤、水土保持等工程，及非工程手段之監測、輔導、巡檢、稽查、教育宣導等；其因地制宜、精簡用地規劃，開創戰地、離島水庫集水區削減污染、減砂入庫的治理模式；以勝利水庫上游集水區為例，早期軍方高密集使用，致水源水質污染，導入LID草溝設施-砌石透水鋪面，植生吸附與微生物降解成功過濾攔阻污染；另配合軍方合併式淨化槽整修工程，設置多層複合濾料淨化設施MSL，將營區放流水淨化再排水，完成全國首例淨化槽結合土壤減磷工法。