為維護改善河川水體水質，並提供各界瞭解週遭水體環境現況，環保署在重要河川皆定期進行水質監測，就懸浮固體、生化需氧量、水中溶氧量及氨氮等4項檢測結果依理化積分法估算污染長度。依據環保署107年統計，25條重要河川共2,257.8公里長度中，其中未(稍)受污染為1,526.7公里占67.6%，輕度污染188.8公里占8.4%，中度污染456.9公里占20.2%，嚴重污染85.7公里則占3.8%。若與上年比較，未(稍)受污染比率減少5.6個百分點，而輕度、中度及嚴重污染比率則分別增加0.9、4.1及0.6個百分點，顯示107年重要河川污染程度較上年嚴重。
若觀察102年至107年統計資料，河川未(稍)受污染比率大致呈上升趨勢，惟於105年及107年反轉向下；中度污染比率則變動較大，其中106年為16.1%是6年來汙染長度最短的一年；嚴重污染比率雖大致呈下降趨勢，惟於106年反轉向上至107年略增至3.8%。綜觀上述，就長期而言，河川污染狀況雖呈現改善趨勢，惟近年有惡化之跡象，國人應一同愛護河川，以減少河川污染情形。
河川方面，嚴重污染比率以北港溪29.7%為最高，急水溪24.7%次之，二仁溪19.7%則居第三；此外，蘭陽溪、頭前溪、卑南溪及和平溪水質較為乾淨，其未(稍)受污染比率均為100.0%。