近年來生態保育觀念抬頭，對環境保護需求日益殷切，為加強生態檢核之落實，將利用生態檢核表記錄工程與環境資訊，使生態衝擊與減輕策略可即時回饋工程各階段評估程式，成為工程與生態溝通之平台。
此外，藉由生態檢核機制推動，使工程與生態得以取得標準化與制度化之平衡基礎，並能實際貫徹於工程全生命週期，讓治理目標與生態保護取得雙贏。而生態檢核呈現工程檢核內容之狀態訊息，其定為行政輔助機制，以提醒工程單位注意與生態環境有關之事項，尋求相關之技術支持。
本工具以淡水河、大甲溪、濁水溪、曾文溪及高屏溪等臺灣五大流域作為重點河川示範區域，以水利工程生命週期的調查規劃、設計施工及維護管理等3階段，進行水利工程生態檢核，並透過對河川流域現況及生態演替情勢的瞭解與掌握，提醒工程單位注意與河川流域生態環境相關事項。同時透過「快速棲地生態評估方法」(Rapid Habitat Ecological Evaluation Protocol, RHEEP)整合生態檢核機制，研擬生態保育策略。
RHEEP快速棲地生態評估法，不需要專業儀器，亦可於現場直接對於所調查之棲地環境健康程度進行概括瞭解。藉由河川棲地之「水」、「土」、「林」、「動」、「人」等面向之評估因子，建構客觀評估指標。RHEEP快速棲地生態評估法可反映出該水利工程在各生命週期階段對整個河川棲地環境及有關生態保育維護上之影響，在透過評析、建議，研擬合適之棲地保育措施，將可歸納其重點生態保育議題，提供相關主管機關及地方政府做為生態保育之重要依據。