疏濬清淤為改善淹水最快速有效的方法之一，考量地方政府財政困窘，行政院為協助其加速改善水患，於106年6月21日「研商前瞻基礎建設計畫第1期特別預算案籌編相關事宜」會議決定，有關疏濬清淤屬地方自治事項，由一般性補助款匡列專款協助。爰主計總處自107年起，於中央對直轄市及縣(市)政府之基本設施補助經費，編列疏濬清淤之經費，針對縣市管河川及區域排水及雨水下水道各編列10億及2億元，分別由經濟部(水利署)及內政部(營建署)配合控管。

為配合行政院主計總處辦理疏濬清淤經費「縣市管河川及區域排水」相關作業，水利署函頒「經濟部水利署辦理一般性補助款疏濬清淤工程執行作業要點」，規範水利署各河川局、各直轄市及縣(市)政府執行及經費撥用等作業。由水利署依縣市管河川及區域排水長度等因子設算額度，送行政院主計總處統籌分配，經行政院核定後，各直轄市及縣(市)政府於額度內核定擬辦工程經費明細並展開測設發包等作業，後續分期檢附相關資料函轄區河川局，再送水利署陳轉主計總處，依主計總處通知，由各直轄市及縣(市)政府向財政部辦理請款作業。