有鑒於臺南市於104年時爆發登革熱疫情，造成轄內民眾人心惶惶，於近幾年，公部門除宣導民眾防疫基本概念與方法，同時祭出罰法嚴格執行取締，軟硬政策兼施，以利防疫工作落實與推動。
第六河川局於104年度起配合臺南市政府防疫工作準備，於每年初3、4月起，即主動積極辦理轄內各河段之
布袋蓮、垃圾及積水容器清除工作，並特別加強
鹽水溪及
鹽水溪排水等鄰近人口稠密處之防疫工作，除定常性之維護工作外，並額外向中間爭取千萬經費針對重點河段及高密度人口處支堤段加強
布袋蓮清除、垃圾及積水容器清除等工作，在中央與地方密切配合下，105年度起至107年止登革熱防治成效相當良好。
經歷104年登革熱嚴峻考驗及
第六河川局於近年年初便及早投入防疫備工作，成效相當良好，未來亦將參考這些年之經驗，除持續積極辦理
布袋蓮之清除外，亦於每年年初即編列相當經費辦理
河川區域及
排水設施範圍內雜草割除、
高灘地積水填平及垃圾、積水容器巡檢清除工作，期能持續維持未來
第六河川局轄管
河川及
排水病媒蚊孳生源產生機率。