為維護改善河川水體水質，並提供各界瞭解週遭水體環境現況，行政院環境保護署在重要河川皆定期進行水質監測，就懸浮固體、生化需氧量、水中溶氧量及氨氮等4項檢測結果依理化積分法估算污染長度。依據環保署108年統計，25條重要河川共2,257.8公里長度中，其中未(稍)受污染為1,559.4公里占69.1%，輕度污染175.2公里占7.8%，中度污染467.7公里占20.7%，嚴重污染55.6公里則占2.5%。若與上年比較，未(稍)受污染比率增加1.5個百分點，嚴重污染比率減少1.3個百分點，顯示108年重要河川污染程度較上年改善。
若觀察103年至108年統計資料，河川未(稍)受污染比率大致呈緩慢上升趨勢，惟於105年及107年反轉向下；中度污染比率則變動較大，其中106年為16.1%是6年來汙染長度最短的一年；嚴重污染比率雖大致呈下降趨勢，惟於106年反轉向上至107年略增至3.8%，又於108年降至2.5%。綜觀上述，短期間水質雖有波動，但就長期而言，河川嚴重污染狀況呈現持續改善的趨勢。
河川方面，嚴重污染比率以阿公店溪17.6%為最高，二仁溪17.1%次之，北港溪16.6%則居第三；此外，蘭陽溪、濁水溪、卑南溪及和平溪水質較為乾淨，其未(稍)受污染比率均為100.0%。