淡水河流域國家重要濕地面積約2,496公頃，其中關渡濕地約394公頃，包括關渡自然公園、關渡自然保留區、基隆河道(社子島北岸灘地)、淡水河河道(五股、蘆洲、社子島南岸灘地)，範圍內鳥類生物多樣性最高的區域依續為關渡自然公園、蘆洲灘地、五股灘地，這三個區域也是整個淡水河流域國家重要濕地生物多樣性最高的區域。
黑腹濱鷸(照片由關渡自然公園管理處提供)
關渡自然保留區設立的保護標的為「水鳥」，但因水筆仔大量增生，環境由空曠泥沙灘地快速演替改變成紅樹林。此區域鳥類組成中原以喜好開闊灘地的鷸鴴科、雁鴨科候鳥為最大量，生物多樣性高。水筆仔紅樹林擴張後，鳥類組成轉變為鷺科為主的樹棲築巢環境，生物多樣性快速下降。
蘆洲的河灘地面臨相同的植被演替情況，此處退潮時灘地面積約67公頃，大面積的泥砂混合感潮灘地是大量鷸鴴科水鳥度冬的重要棲地，尤以黑腹濱鷸為最，數量曾達萬計。自民國94年水筆仔紅樹林開始在蘆洲河灘擴散增生，109年紅樹林面積已超過25公頃，直接造成鷸鴴科水鳥棲地消失，黑腹濱鷸度冬群已不達千隻。
紅樹林過度擴張會造成河道糙度增加，降低水流速度，進而促進落淤增加造成灘地陸域化，導致河道縮減及水位提高，增加洪災風險，而水中漂浮之垃圾也容易卡在紅樹林中形成環境之髒亂點。
紅樹林擴張造成防洪疑慮以及棲地陸化的嚴重性已是水利單位與生態團體的共識，但是考量紅樹林的生態敏感性，進行疏伐工作必須更為謹慎，透過與台北市野鳥學會關渡自然公園管理處合作，以人力方式進行疏伐，並配合鳥類監測調查記錄鳥況，比對計畫執行前後的種類、數量變化，作為下一階段紅樹林疏伐工作的參考。
第十河川局與台北市野鳥學會關渡自然公園管理處協力進行淡水河蘆洲灘地水筆仔小樹伐除，期望可以達到防洪兼顧生態保育的目標。第一階段將以人力方式進行，109年冬季針對108年至109年新增生的水筆仔小樹，以人力進行2公尺以下的小樹鋸倒，110年春、夏季再針對落種的胎生苗進行拔除，並且同步調查棲地的變化；第二階段則配合施工機具進行蘆洲堤防基礎加固以及生態潮溝營造以增加退潮時的輸砂搬運動能，減緩淤砂的堆積速度，降低水筆仔胎生苗著生率；第三階段則配合疏濬工作辦理紅樹林的疏伐及高灘地的濬深以營造適合水鳥覓食的泥灘地蘆洲灘地水鳥棲地復育-水筆仔紅樹林伐除減量。