石門水庫營運至今充分發揮儲蓄水源功能，提供北台灣地區水資源使用。但攔蓄水資源同時卻也攔下大量的土砂，在竣工前一刻即時受葛樂禮颱風洗禮並帶來大量洪水與砂石，更造成水庫啟用後立即淤積近5%的容量，而隨後水庫每一世代工程師也都致力於水庫庫容維持；從早期集水區興建防砂壩、保育治理，以及抽砂清淤等，持續努力至今。
在民國95年艾莉颱風襲台造成桃園停止供水近18天後，而這場洪災給了水利工程人員對於水庫清淤治理工作提出了一個新思維—異重流及底孔排砂，這也造就了石門水庫排砂隧道工程；這個排砂隧道主要功能是在颱風期間，藉由洪水夾帶泥砂一同排出而不滯留在庫區內，來減少泥砂入庫淤積的現象，達到防淤的效果。
此外，北區水資源局亦持續努力用抽泥，以及陸挖方式減少淤積物留於水庫內，而為使水庫內的泥砂出入平衡，今年更嚐試在水庫下游河道高攤直接堆淤，如此可減少原本抽泥所需暫置和外運的時間與成本；而平時淤泥可留在高灘地上亦不外溢，等洪水期間配合水庫排洪，再將淤積物排回河川，如此可增加下游河道砂源，減緩河床持續受洪水淘刷。如此，不但可大幅增加庫區減淤效益，亦使河川泥砂順利自然回歸河道，也維持下游生態環境。
目前北區水資源局於後池及下游河道放淤約150萬立方公尺，尚未有明顯環境影響，而在今年試行後，未來更將計劃於庫區上游增加抽泥船來擴大放淤能量，同時亦配合阿姆坪防淤隧道工程計畫完工期程，直接抽砂至既有沉澱池區堆置、標售及載運，以達成庫泥砂出大於入的滅淤目標，並期再造一個永續及回春的石門水庫。