早期安農溪治理以防洪、農業灌溉為主，為便於管理兩岸堤防皆以混凝土、鋼筋為主，雖達成防洪、灌溉需求，但自然生態、遊憩景觀也因而消失。由於社會進步環境改變，自然景觀、休憩場所逐漸減少，河川區域環境景觀相對重要，水利署第一河川局自88年甫接管安農溪時，由於欠缺管理造成河川區域有違規種植、違規建造、傾倒廢棄物等情事。該局遂自接管後起陸續辦理違規種植剷除、違規建造物拆除、水防道路修繕、河道清淤、堤防綠美化、坡面整理……等作業，營造安農溪嶄新風貌。
近年由該局辦理環境改善安農溪長約11公里，環境綠美化約60公頃，目前安農溪河道蜿蜒、自然、安全，除有農田灌溉功能外，更營造多功能自然環境，讓安農溪沿岸居民享有寬敞自然環境亦能吸引外地遊客至安農溪旅遊。
基於安農溪河川形狀為狹長之帶狀，管理不易，如全部由政府單位進行維護管理，除增加預算經費外，更有環境維護空窗期之問題，故商妥附近社區或團體負責認養，除能紓解管理機關人力及經費之不足問題，另外，社區居民基於愛護鄉土之情感及認同感，較易盡心維護，且會主動制止不當之使用與惡意破壞行為。
藉由推動安農溪除已由「安農溪總體發展協會」及「三星鄉公所認養」各43.88公頃及7.15公頃面積之認養工作外，並促成以公私協力之方式增加當地民眾認同整治成果及參與愛護安農溪，三星鄉公所於103年6月25日辦理安農溪淨灘活動及成立安農溪志工隊，結合當地社區團體共同參與，創造河川管理機關、地方政府及當地社區居民多贏局面。