有鑑於流域綜合治理條例已通過，綜合治水、流域治理策略是水利署目前推動的工作重點。而治水工作攸關人民生命財產安全，所以對於工程的規劃、設計、審查、施工、品質管控等各項流程，本署一直期許同仁應以嚴謹的態度，採取更嚴格作法來為全民把關，確保如期、如質、如實達成預期效果，免除易淹地區民眾水患之苦。
為讓第一線同仁在執行工務行政時，能隨手有一本參考手冊及標準作業流程，工程事務組於100年已彙整統合相關法令規定及行政規則編撰「工務行政管理手冊」供大家參酌，並逐年依實際更新，初步已達提昇行政效能之效果。本(103)年該組更彙整了102年至各附屬機關教育訓練時各同仁於執行工務時常見之問題，並已於103年5月14日將所彙整之「工務處理Q&A彙編之手冊」函頒各附屬機關參照，再配合工務行政管理手冊之使用，相信更可使同仁於處理相關業務時即可在短時間內獲得問題之解決。
經驗與知識之傳承一直是本署之核心價值。在工程上，除了持續健全已建置之工務系統外，還須努力推動及協助附屬機關之各項工務，相信在工務行政處理之更新下，更能使我們對水利工程如期、如質、如實完成更具信心。