山上排水位於台南市善化區與山上區交界處，匯入水利署第六河川局所轄管之曾文溪，山上排水下游排水出口處地勢低緩，曾文溪水位高漲使計畫區內水無法排出，加上既有排水護岸岸頂高不足、部分排水路渠段亦未施設護岸，渠道淤積致排水功能日趨低落，每逢颱風暴雨即易發生水患(如民國90年納莉颱風、民國96年10月7日柯羅莎颱風與97年7月18日卡玫基颱風及98年8月8日莫拉克颱風等)。為有效解決本區淹水問題，該局依據99完成之「台南縣管區域排水-山上排水系統規劃報告」綜合治水對策方案，初步擬於山上排水出口設置閘門，擬設置W×H=3.0m×3.0m之8孔閘門（內外兩道）以防止曾文溪之外水倒灌，並於山上排水出口段配合閘門設置護岸。
水利署所辦理改善工程，具有多項特色如下：
(一)閘門銜接山上堤防將防洪高度提升約7公尺，可減少曾文溪之外水倒灌造成工商業、農林漁牧及住宅等資產損失、公共設施損失、土地流失或土石淹沒土地之損失等直接效益；以及減少因直接損失而造成的間接災害，包括因洪水導致交通不能通暢所發生之損失、工商業停滯導致物價上漲之損失、公共事業中斷之損失、公私事業因災害而需增加臨時設備費用之損失、無法工作之勞務損失、增加廢棄物處理費用等。
(二)本工程已銜接既有之山上堤防之水防道路，並預留日後施作山上排水工程之水防道路以利連成一個防汛網，及滯洪池可提供灌溉之補充水源、減輕地層下陷、環境營造、發展觀光等效益。
本工程雖因地方政府用地取得延誤施工，經該局努力積極趕辦，業於103年5月12日完工在案，將實質提高當地保護強度，確保民眾安全。區域排水渠道設計標準以通過10年重現期洪峰流量，25年洪水不溢堤為原則，計畫區內之農田、漁塭保護基準為5年重現期，低窪地區既有村落保護標準10年重現期，淹水面積可由179公頃降底為57公頃，可增加保護面積約達122公頃，保護人口數約能達3,800人。