水利署、第六河川局與台南市政府103年7月27日於台南市歸仁區舉辦港尾溝溪排水中游疏洪工程完工啟用典禮，由行政院政務委員、經濟部長杜紫軍、台南市長賴清德、水利署長楊偉甫及多位立法委員共同主持啟用儀式。
本工程完工適逢7月23日麥德姆颱風挾帶豪大雨襲台，分洪道於颱風期間先行啟用，每秒約分洪15噸水量至二仁溪，總計分洪水量約43.2萬噸，降低港尾溝溪主流水位約1米，減緩保安工業區、嘉南藥理大學一帶淹水風險，已發揮功效。
港尾溝溪主流長度約16.84公里，流域面積約36.73平方公里，未治理前常因受二仁溪水位暴漲造成外水頂托倒灌，以及仁德地區與部分保安工業區內多處地勢低窪之原因，每遇暴雨極易造成局部低窪區淹水，淹水面積約達800公頃，最高深度達1公尺，損失嚴重。
為及早減少水患，降低淹水風險，水利署與第六河川局於95年起推動「易淹水地區水患治理計畫」，包含出口段改善（抽水站、背水堤及滯洪池之施作）、排水路整治、高低地分流（港尾溝溪疏洪工程）三項，其中前兩項已於96年辦理完成，而港尾溝溪分洪工程因牽涉用地取得困難、施工技術艱難，全部利用人工開鑿完成，並具有下列五個特點:1.中央與地方共同合作減少水患威脅；2.智慧型治水策略；3.解決長期淹水問題；4.繼安平運河之後人工開鑿最長渠道；5.可提供當地居民親水環境之工程。
第六河川局排除萬難，於101年起辦理疏洪工程，總經費達9億元，設置長達3,769公尺的疏洪道，工程穿越台鐵沙崙支線、長榮陸橋，在施工團隊積極趕工下終於今(103)年6月底完工，且在麥德姆颱風期間發揮部分成效，預估可減少淹水面積達626公頃，保護2萬人以上之住戶與商家，並減少年平均洪災損失4億餘元。