水利署轄管中央管河川、排水、水庫、海堤等各區域，幅員狹長遼闊，且分布全臺各地，常接獲申請人向水利署申請使用經管之水利用地，並請水利署出具同意使用書。但依規定水利署無權出具同意書。
當水利署接到類此申請案件，均先函請轄管有關機關辦理實地會勘，如水利署經管土地位於中央管河川區域內、中央管區域排水路或海堤堤身，因土地仍具公用性質，則請其向水利署轄管河川局申請許可；如位於水庫蓄水範圍內，則請向水庫管理單位辦理；如為農田水利會的灌排水路，因實地仍供水路水利設施使用，在不影響原有水利設施及功能下，應由申請人將工程共構(跨越或箱涵等)設計圖函請所在農田水利會審核同意後，並報水利署備查。
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如位於河川區域外土地，經會勘檢討不再供公共水利使用，即依規定變更為非公用財產，並移交財政部國有財產署接管後，再請申請人向該署洽詢辦理承租相關事宜。惟土地於移交、騰空期間等行政程序常需時甚久，申請人迫於期程需求，請水利署核發同意書供其先行使用，因水利署經管國有土地，應遵循國有財產法第28條規定：「主管機關或管理機關對於公用財產不得為任何處分或擅為收益。……」所稱處分，係指出售、交換、贈與或設定他項權利。又民法第773條規定：「土地所有權，除法令有限制外，於其行使有利益之範圍內，及於土地之上下。如他人之干涉，無礙其所有權之行使者，不得排除之。」且財政部國有財產署亦函示，國有公用財產管理機關，經管之國有公用不動產，除其他法律另有規定外，依國有財產法第11條、第28條、第32條、第33條及第35條等相關規定，如已無公用需要，應變更為非公用財產，移交該署接管處理，尚不得核發同意書供他人使用。
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