為提升石門水庫防淤能力及延長水庫壽命，行政院業於103年9月1日核定水利署辦理「石門水庫防淤隧道工程計畫(第一階段)」，計畫內容主要包括阿姆坪防淤隧道及沖淤池工程，實施期程自104年至110年，總工程經費46.27億元，完成後可提升水庫防淤能力每年64萬立方公尺及增加水庫排洪能力600秒立方公尺。
上開計畫完成後，預估石門水庫淤積泥砂由抽泥船抽取及經阿姆坪隧道上半部輸泥管輸送至庫區外處理量每年可達64萬立方公尺，而為提高水庫淤泥去化能力及其利用附加價值，未來將依浚渫淤泥之泥砂含量及粒徑特性作不同處理，其中，如屬粗顆粒土砂含量明顯較多之淤積泥砂，則以「不可沖淤土石」處理並標售外運利用；另如屬細顆粒泥砂含量明顯較多之淤積泥砂，則以「可沖淤土石」處理並送至沖淤池堆置，並俟颱洪期間以水力沖淤方式沖至大漢溪下游。
為協助推動阿姆坪防淤隧道工程計畫及提升沖淤池水力沖淤成效，本署水利規劃試驗所自102年起即持續辦理水工模型試驗，經以15場次不同沖淤斷面、水理條件及堆積泥砂量等水工試驗最新結果，阿姆坪防淤隧道沖淤池於試驗流量600秒立方公尺及沖淤池堆置約18.9萬立方公尺可沖淤土石條件下，單次總沖淤量18.43萬立方公尺、沖砂比97.5%、實際耗時11小時及總耗水量2,391萬立方公尺，沖淤試驗成效顯著，如以每年辦理水力沖淤2次計算，可達平均每年沖淤32萬立方公尺之計畫目標。