鹽水溪為流經台南市重要河川之一，鑑於部分地區尚未整治，現有護岸多為土坡，河道斷面不足，且歷年來風災豪雨及土石淤積影響，易對日後颱洪災害形成潛在淹水隱憂，亟需辦理整治。
爰此第六河川局依據「鹽水溪治理計畫」，自民國95年起，針對尚未整治地區，推動相關整治工程。其中鹽水溪媽廟埤子頭堤段防災減災工程位處於台南市歸仁區與關廟區交界處，其原有護岸為土坡，為期能降低當地水患之苦，積極辦理該工程之興建。
鹽水溪媽廟埤子頭堤段防災減災工程整治河段長度約1公里，寬度約160公尺，土地取得費用約為7千萬元，工程費用約為1億元，該工程目前已完工，並已歷經數次風災豪雨考驗，能有效達成防災減災功能。
該工程除將防災減災理念落實外，並將景觀與當地民眾交通出入之需求納入考量，建構完善之防汛道路，提供民眾觀賞鹽水溪河畔田野風光好去處。